Faktor penghambat pelaksanaan otonomi daerah di indonesia antara lain

1. Tidak semua daerah otonom di Indonesia memiliki sumber daya manusia yang tinggi, sehingga masih memerlukan bantuan dari pusat atau daerah lain.

2. Tidak semua daerah otonom di Indonesia memiliki sumber daya alam yang memadai, sehingga sulit untuk menggali dana dari potensi alam.

3. Masih adanya daya tarik menarik antar pemerintah pusat dan daerah tentang kewenangan masalah tertentu.

4. Adanya kebiasaan sentralisasi atau terpusat, sehingga kreativitas daerah sulit berkembang.

5. Sebagian besar daerah otonom masih membiasakan diri tergantung kepada pusat terutama masalah dana atau keuangan, sehingga sulit untuk mandiri.